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???metadata.dc.type???: Dissertação
Title: Utilização de DNA metagenômico para caracterização e bioprospecção de comunidades microbianas de solo de cerrado
???metadata.dc.creator???: Castro, Alinne Pereira de 
???metadata.dc.contributor.advisor1???: Kruger, Ricardo Henrique
???metadata.dc.contributor.referee1???: Bustamante, Mercedes Maria da Cunha
???metadata.dc.contributor.referee2???: Quirino, Betania Ferraz
???metadata.dc.contributor.referee3???: Miller, Robert Neil Gerard
???metadata.dc.description.resumo???: O Cerrado é um importante bioma inexplorado encontrado no Brasil. Contudo, nas duas décadas passadas, essa enorme área vem sendo convertida a pastagens e a campos para agricultura. Neste ecossistema, diversas comunidades de fungos que habitam o solo desempenham um importante papel. No caso do Cerrado stricto sensu, estas comunidades estão sendo perdidas antes mesmo de serem estudadas, uma vez que a sua área tem sido amplamente degradada. Como apenas uma pequena fração de fungos presentes no solo podem se cultivados in vitro, várias técnicas moleculares foram escolhidas para caracterizar a comunidade de fungos presentes no solo em quatro diferentes áreas do bioma Cerrado: cerrado stricto sensu, pastagem, mata de galeria e plantação de soja. A técnica ribossomal RNA intergenic spacer analysis (RISA), foi primeiramente utilizada e revelou diferenças consideráveis entre a comunidade fúngica nas diversas áreas estudadas, onde padrões únicos de bandas de DNA para cada amostra foram identificados em cada área. Posteriormente, foram utilizados oligonucleotídeos específicos para DNA ribossomal de fungos e a reação em cadeia da polimerase foi realizada para amplificar a região conservada 18S rDNA. Os produtos de PCR obtidos foram clonados e usados para construir quatro bibliotecas 18S rDNA, sendo uma para cada área em estudo. Para avaliar a diversidade fúngica nessas áreas e permitir comparações entre as áreas, o seqüenciamento de aproximadamente 200 clones para cada biblioteca foi realizado. Além disso, nossos resultados mostram que a atividade antropogênica pode estar reduzindo a diversidade fúngica em áreas do Cerrado. Finalmente, análises computacionais foram realizadas com o auxilio dos programas DOTUR e ∫-Libhsuff para estimar a diversidade e determinar se existem diferenças entre cada biblioteca. Análises utilizando o programa DOTUR demonstraram um total de 75, 85, 85 e 70 OTUs para cerrado, pastagem, mata de galeria e plantação de soja respectivamente. A curva de rarefação indicou que a área que apresentou o maior decréscimo de diversidade foi plantação de soja com diminuição de quase 50% em contraste, a área de cerrado apresentou o menor valor de decréscimo com apenas 35%. As análises com ∫-Libsuff indicaram que todos os valores de P foram menores que 0,0001, este dado sugere que existe uma alta probabilidade que essas bibliotecas construídas com o gene 18S rDNA contenham diferentes linhagens taxonômicas.
Abstract: Cerrado is an important and not very well studied biome found in Brazil. In the last two decades, this area has been rapidly converted to pastures and agricultural fields. Soil fungal microbial communities play a key role in the soil ecosystem. In the case of Cerrado stricto sensu, they are being lost before they are studied. As only a small fraction of the fungal population present in the soil can be cultured in vitro, a molecular approach was chosen to characterize the soil fungal communities present in four different areas of the Cerrado biome: a native Cerrado stricto sensu, a former stricto sensu area converted to a soybean plantation, a riverbank forest and a former stricto sensu area converted to pasture. Firstly the technique Ribosomal RNA intergenic spacer analysis (RISA) revealed remarkable differences in the fungal communities studied. DNA bands unique to each area were identified. Using specific primers that hybridize to conserved regions of fungal DNA that flank variable regions, polymerase chain reaction was performed to amplify 18S rDNA from soil DNA. The PCR products obtained were cloned to construct four 18S rDNA libraries, one for each area studied. To assess the fungal diversity in these areas and allow comparisons among the areas, sequencing of approximately 200 clones from each library was performed. Our results show that anthropic activity is reducing diversity in Cerrado areas. In silico analysis using the computer program DOTUR and &#8747;-Libshuff estimate the diversity and coverage of each library and the program assessed differences between libraries. DOTUR analysis showed that there are approximately 75, 85, 85 and 75 OTUs to cerrado, pasture, riverbank forest and soybean plantation. Comparison between the four rarefaction curves with a similarity cutoff value as low as 1% reveals that the number of OTUs for soybean plantation decreased by 50% and cerrado by 35% demonstrating that microbial community soil cerrado is more diversity than others. The computer program &#8747;-Libshuff showed significant P-values of < 0.0001, demonstrating strong evidence that the four libraries analyzed are significantly different.
Keywords: cerrados
DNA
diversidade biológica
???metadata.dc.subject.cnpq???: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS
Language: por
???metadata.dc.publisher.country???: BR
Publisher: Universidade Católica de Brasília
???metadata.dc.publisher.initials???: UCB
???metadata.dc.publisher.department???: Ciências Genômicas, Genética Molecular e de Populações, Biotecnologia Molecular
???metadata.dc.publisher.program???: Programa de Pós-Graduação em Ciências Genômicas e Biotecnologia
Citation: CASTRO, Alinne Pereira de. Utilização de DNA metagenômico para caracterização e bioprospecção de comunidades microbianas de solo de cerrado. 2008. 2 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Genômicas, Genética Molecular e de Populações, Biotecnologia Molecular) - Universidade Católica de Brasília, Brasília, 2008.
???metadata.dc.rights???: Acesso Aberto
URI:  https://bdtd.ucb.br:8443/jspui/handle/123456789/141
Issue Date: 23-Apr-2008
Appears in Collections:Programa de Pós-Graduação em Ciências Genômicas e Biotecnologia

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