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Please use this identifier to cite or link to this item: https://bdtd.ucb.br:8443/jspui/handle/123456789/127
Type: Dissertação
Title: Impacto da miscigenação na aplicação do HapMap para a população brasileira avaliados nos genes PTPN22 e VDR
Author(s): Lins, Tulio Cesar de Lima 
First Advisor: Pereira, Rinaldo Wellerson
???metadata.dc.contributor.referee1???: Collevatti, Rosane Garcia
???metadata.dc.contributor.referee2???: Petzl-erler, Maria Luiza
Summary: Os genes PTPN22 e VDR são associados a várias doenças auto-imunes e a fenótipos complexos das vias do metabolismo ósseo. Além disso, a associação de alguns polimorfismos desses genes é específica para alguns grupos populacionais e, portanto estudos em populações miscigenadas devem ser criteriosamente avaliados para esses fatores. A população brasileira é considerada uma das mais heterogêneas do mundo e estudos de associação genética nessa população devem ser conduzidos com controle genético para estratificação em termos dos níveis de ancestralidade. O desequilíbrio de ligação é uma ferramenta de estatística genética utilizada para detectar associações por blocos haplotípicos em genes candidatos. O presente trabalho teve por objetivo a investigação da contribuição de miscigenação na população brasileira para investigar os padrões de desequilíbrio de ligação nos genes PTPN22 e VDR e avaliar os efeitos da ancestralidade genética nos mesmos. Para isso, 200 indivíduos brasileiros, não relacionados e separados por região geográfica, foram genotipados para 34 marcadores informativos de ancestralidade, seis SNPs no gene PTPN22 e 21 no gene VDR pelo método de extensão de base única (SNaPshot Applied Biosystems). Os resultados mostram que os marcadores foram capazes de atribuir 19,5 % de contribuição de ancestralidade Africana e 80,5% de Européia na população brasileira, no entanto não conseguiram estratificar para contribuição indígena com confiabilidade. O gene PTPN22 mostrou grande influência da ancestralidade nas distribuições haplotípicas enquanto no gene VDR, foram observados padrões de blocos haplotípicos similares aos descritos para populações de origem européia. A transferibilidade de SNP entre as populações do HapMap para a população brasileira se mostrou incerta e contrastante para os dois genes, com perda de variabilidade utilizando tagSNPs da população de origem Européia para o gene PTPN22 e com perda de variabilidade utilizando tagSNPs das populações de origem Africana e Asiática no gene VDR, indicando que o uso de tagSNP não deve ser generalizado na população brasileira. As informações geradas podem servir de base para futuros estudos funcionais ou de associação genética na população brasileira envolvendo os genes PTPN22 e VDR, ou ainda para aplicação em estudos de estratificação populacional em populações miscigenadas.
Abstract: The PTPN22 and VDR genes are commonly associated to several autoimmune diseases and complex phenotypes related to bone metabolism. The association of some of those polymorphisms are ethnic-specific, and therefore, admixture population studies must be conditionally evaluated to these factors. The Brazilian population is considered the most heterogeneous in the world and their genetic association studies must be controlled to the stratified levels of ancestry proportions. Linkage disequilibrium is a genetic statistic method to detect association with candidate genes by haplotype blocks. The aim of the present work was to estimate the admixture contribution levels of the Brazilian population, to evaluate the linkage disequilibrium patterns of PTPN22 and VDR genes and to investigate the effects of ancestry proportions on these genes. For that, 200 non-related Brazilian individuals, separated by geographic region were genotyped for 34 ancestry informative markers, six SNPs in the PTPN22 gene and 21 in the VDR gene by single base extension method (SNaPshot Applied Biosystems). The results showed that the markers were able to assign 19,5% of African ancestry proportion and 80,5% of European to the Brazilian population, however they were unable to assign correctly the Amerindian proportion. The PTPN22 gene showed high genetic ancestry influence on the distribution of haplotypes, while the VDR gene showed a similar haplotype block pattern to those described to European population. The transferability of tagSNPs among HapMap populations to Brazilian population was divergent and uncertain for the two genes, with high loss of variability in the PTPN22 gene using tagSNPs of the European derived population and, to the VDR gene, there was higher loss of variability when using the tagSNPs selected for African or Asian derived populations. This indicates that the use of tagSNPs should not be generalized in the Brazilian population. The information generated at this work may contribute to several prospective genetic association studies involving the PTPN22 and VDR genes, and also as a base for population stratification studies in admixture populations.
Keywords: genética; genes; miscigenação; população brasileira
população brasileira
desequilíbrio de ligação, haplótipos
brazilian population
SNP
linkage disequilibrium
haplotypes
PTPN22
VDR
CNPq: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA
Language: por
Parents: BR
Publisher: Universidade Católica de Brasília
Institution Abbreviation: UCB
Department: Ciências Genômicas, Genética Molecular e de Populações, Biotecnologia Molecular
Program: Programa de Pós-Graduação em Ciências Genômicas e Biotecnologia
Citation: LINS, Tulio Cesar de Lima. Impacto da miscigenação na aplicação do HapMap para a população brasileira avaliados nos genes PTPN22 e VDR. 2007. 196 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Genômicas, Genética Molecular e de Populações, Biotecnologia Molecular) - Universidade Católica de Brasília, Brasília, 2007.
Access Type: Acesso Aberto
URI:  https://bdtd.ucb.br:8443/jspui/handle/123456789/127
Document date: 2-Apr-2007
Appears in Collections:Programa de Pós-Graduação em Ciências Genômicas e Biotecnologia

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